Marga Müller konnte ihre Arbeiten ausweiten, als sie 1932 gemeinsam mit ihren Eltern in Schwabing das Zweifamilienhaus Kunigundenstraße 58 und 58a bauen konnte.
"Ich und mein Haus wollen dem Herrn dienen" war unter der Haustürschwelle mit dem Grundstein eingemauert worden und dieses Versprechen wurde ein Leben lang eingehalten. Kinder kamen zu Kinder- und Seelsorgestunden ins Haus, Mütterrunden wurden von Frau Müller abgehalten und mit den Freunden des Sohnes Hans-Reinhard bekam auch die Studentenseelsorge einen Platz im
Haus, - in der beginnenden Zeit der nationalsozialistischen Herrschaft von immer größerer Bedeutung.
Illustre Namen fanden sich unter den Hausgästen: Die Patres Rupert Mayer, Alfred Delp, Georg Waldmann, Franz zu Löwenstein, Professor Dr. Alfred Läpple und mancher andere. Vielen Menschen wurde in schweren Zeiten die Begegnung mit ihnen sowie ihren Vorträgen zu einer wichtigen geistigen Bereicherung. Der Kampf des Regimes gegen die Kirchen blieb nicht ohne Auswirkungen und traf viele Gläubige im Volk. So kam es vor allem in den Kriegsjahren zu einem immer stärker werdenden Abbau des Religionsunterrichts an den Schulen. Marga Müller baute mit Unterstützung ihrer befreundeten Priester einen außerschulischen Religionsunterricht auf, den der damalige Kardinal Faulhaber "katechetische Hilfsseelsorge" nannte. Laien wurden in zweijährigen Kursen zur Erlangung der missio canonica ausgebildet. Diese Arbeit weitete sich von München nach Augsburg und Passau aus.

Den braunen Machthabern wurde Marga Müller nun immer mehr ein Dorn im Auge. Das Haus in der Kunigundenstraße wurde von der Gestapo beobachtet, die Besucher wurden registriert. Mancher musste ein Schlupfloch vom Garten hinter dem Haus benutzen. Im Februar 1945 wurde Marga Müller von einer Vertrauten, die als Sekretärin bei der Gestapo-Leitstelle arbeitete, gewarnt. Sie hatte den Haftbefehl auf einem Schreibtisch liegen gesehen: "Die schwarze Hexe von Schwabing wird morgen verhaftet". Marga Müller floh sofort. Trotz Fliegeralarm kam sie bis Tutzing und bat bei den Missionsbenediktinerinnen um Unterschlupf. Da die Nacht zuvor die Oberin vom Gut Kerschlach verhaftet worden war, getraute man sich nicht, sie ins Kloster selbst aufzunehmen. So bot man ihr zur Übernachtung die Kirche an. Am nächsten Tag ging die Flucht auf Umwegen weiter in Richtung Tegernsee. In Moosrain fand sie bei Freunden wieder Aufnahme. Wenn es an der Haustür läutete, musste sie in den Kleiderschrank verschwinden. Schließlich flüchtete sie bis Kreuth, wo sich Freunde um sie kümmerten. Ihr Gesundheitszustand war so ernst, dass man sie sofort im Krankenhaus Tegernsee unterbrachte, wo sie wieder etwas zu Kräften kam. Nach einigen Wochen versuchte sie nach Augsburg zu den Sternfrauen zu kommen, wo sie ihre Kurse früher gehalten hatte. Das gelang ihr auch per Bahn, doch als sie beim Kloster eintraf, bekam sie einen schweren Angina-Pectoris-Anfall. Sie wurde zu den Sterbenden in den Keller gebettet, um bei Fliegeralarm nicht transportiert werden zu müssen. Das war ihre Rettung. Sie war nämlich zuvor am Bahnhof Augsburg erkannt worden und die Gestapo kam ins Kloster, um sie zu verhaften. Als die Oberin sagte, sie liege bei den Sterbenden im Keller, ließ man von ihr ab. Zwei Wochen später war der Krieg und die Naziherrschaft zu Ende.
In den Tagen nach Ende des Krieges reiften in ihr Pläne, die später zum Aufbau des
Katholischen Familienwerkes führten. Am Beginn jeder Bemühung um Erziehung und Bildung stand für sie die Arbeit mit Kindern. Hinzu kam, dass der Krieg viele allein stehende Mütter hinterlassen hatte, die neben der Sorge um ihren Lebensunterhalt die Erziehung ihrer Kinder zu bewältigen hatten.

Ein Kindergarten sollte gegründet werden. Es begann in einer Baracke auf der Gohrenwiese am Biederstein in Schwabing, die die Amerikaner dort zur Betreuung deutscher Jugendlicher aufgestellt hatten. Unter tatkräftiger Mitwirkung von Frau Weißmann und vielen Freunden des Hauses Müller konnte dort ein Raum, der Kohlen, Holz und Gerümpel enthielt, hergerichtet werden. Im Januar 1950 erteilte die Stadt München die Genehmigung zum Betrieb des Kindergartens. Nach einer Woche waren die 30 zugelassenen Plätz belegt. Aus der Kinderküche des Krankenhauses Biederstein kam das Mittagessen für die Ganztageskinder. Im Oktober 1950 wurde in einem weiteren Raum der Baracke eine zweite Gruppe eingerichtet.

Der Kindergarten und die Einrichtungen des Katholischen Familienwerks florierten. So wurden Erweiterungen und Umzüge nötig, bis zuletzt in Pullach die geeignete Bleibe für alle Einrichtungen gefunden war.
Marga Müllers Aktivitäten gingen aber auch auf vielen anderen Gebieten unvermindert weiter. So baute sie in Zusammenarbeit mit der Erzdiözese München und Freising die Arbeit mit Jugendgruppen, die sich im Hause Müller trafen, systematisch aus. Viele Danksagungen erhielt sie dafür.

Die in München begonnene volksapostolische Arbeit weitete sie in die Diözesen Regensburg und Salzburg aus. Viele Tagungen dazu hat sie bestritten, unzählige Kurse abgehalten. Nicht vergessen werden sollen auch die schriftstellerischen Tätigkeiten Marga Müllers. Schon in den 30er Jahren veröffentlichte sie Erzählungen zur religiösen Erziehung für Kinder in Zeitschriften, später in Büchern. Ein Bücherzyklus für die Familie zu Feierzeiten und religiösem Brauchtum im Kirchenjahr kam hinzu. Von ihren naturkundlichen Werken sind das 1940 erschienene Buch "Die vom Wegrain" sowie das Buch "Im Kornacker" von 1941 mit den wunderbaren Illustrationen von Else Wenz-Viëtor, einer damals in Icking lebenden Künstlerin, heute bibliophile Kostbarkeiten.

In ihren letzten zehn Lebensjahren sandte sie allen ihren Freunden in der Welt monatliche Rundbriefe, die durch ihre tiefe Religiosität, aber auch die lebendige und herzerfrischende Sprache vielen Empfängern Freude bereiteten. 1980 ließen ihre Kräfte nach, die sie lebenslang ganz in den Dienst ihrer Aufgaben gestellt hatte. Pflege wurde notwendig. Nach einem Schenkelhalsbruch mit Operation hat sie Gott am 7. Juli 1981 von ihren irdischen Leiden erlöst. Eine riesige Trauergemeinde trug "eine der großen Frauen in der Kirche Münchens" zu Grabe. Pater Franz zu Löwenstein SJ sagte in seiner Predigt: "Mitte der ewigen Seligkeit ist eine Liebe, und der Partner dieser Liebe ist Gott. Eine Ewigkeit lang wird der Mensch, der am Ziel ist, sich in immer neue, tiefere Herrlichkeiten Gottes hineinlieben. Nie wird er an eine Grenze stoßen oder gar an ein Ende kommen".